INTRODUCCIÓN La atrofia muscular espinal (AME) se clasifica en tres subtipos pediátricos. El 95% de los niños con AME presenta deleción homocigota del gen SMN1. La variabilidad fenotípica se relaciona con genes modificadores como SMN2 y NAIP. OBJETIVOS Correlacionar el número de copias del gen SMN2 y la deleción del gen NAIP con la severidad de la enfermedad en niños con AME, diagnosticados y en seguimiento. MÉTODOS En el Hospital de Pediatría Juan P. Garrahan se estudió a 98 niños con diagnóstico de AME, categorizados de acuerdo con criterios establecidos a nivel internacional (Consensus Statement for Standard of Care in Spinal Muscular Atrophy 2007). El número de copias del gen SMN2 se determinó mediante Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) y PCR en tiempo real. La ausencia de NAIP se determinó por MLPA. RESULTADOS Mediante MLPA se pudo determinar el número de copias de SMN2 en todos los pacientes, con la PCR en tiempo real en 96/98 pacientes. Los resultados de ambas técnicas fueron equivalentes en 95/96 casos. Todos los AME tipo I presentaron 2 copias, mientras que más del 95% de los AME tipo II y III mostraron entre 3 y 4 copias de SMN2. Sólo en el grupo AME tipo III se observaron 4 copias de SMN2. El gen NAIP estuvo ausente en el 76% de los AME tipo I y presente en más del 89% de los AME tipo II y III. DISCUSIÓN El número de copias del gen SMN2 se correlacionó con el fenotipo de AME (más leve a mayor número de copias de SMN2). La ausencia del gen NAIP se asoció con el fenotipo más severo. La metodología MLPA resultó ser más robusta que la PCR en tiempo real y proporcionó mayor información acerca de la región AME.