Durante o período compreendido entre maio de 1977 e agosto de 1978, necropsiaram-se 166 exemplares de Rattus norvegicus capturados vivos, em diversos pontas do município de São Paulo, com o objetivo de determinar a prevalência de parasitismo por coccídeos do gênero Eimeria. Dos 166 ratos examinados, 81 (48,79%) apresentaram-se parasitados por Eimeria; entre estes, 56 (33,73%) albergavam E. separata, 11 (6,63%) E. nieschulzi e 14 (8,43%) estavam parasita dos por ambas as espécies. Esta é a primeira vez em que se assinala a presença de E. separata no Brasil. Analisando a prevalência de parasitismo conforme o peso (idade) dos ratos capturados, evidenciou-se nítido decréscimo com o aumento de peso (idade) dos roedores, fato que sugere o estabelecimento de mecanismos imunitários de resistência a reinfecções. Não se notou influência do sexo dos roedores na prevalência de parasitismo por Eimeria. Os ratos capturados na zona sul do município de São Paulo apresentaram prevalência de infecção, por ambas as espécies de Eimeria, em nível significantemente mais elevado do que os procedentes da zona norte (AU).