Este estudo teve por objeto analisar a Assistência Farmacêutica na atenção básica dos municípios de abrangência do Escritório Regional de Saúde (ERS) de Água Boa, associando as ações inerentes à Auditoria. Realizou-se uma pesquisa descritiva, exploratória, qualitativa e documental investigando a operacionalização efetiva da Assistência Farmacêutica enfocando o acesso da população aos medicamentos essenciais, com uso racional, como também servir de instrumento de gestão, tanto aos gestores de saúde dos 7 (sete) municípios que pertencem ao ERS de Água Boa, como à auditoria. Os documentos analisados foram os Planos Municipais de Assistência Farmacêutica, Relatórios de Inspeção Sanitária e os Relatórios de Avaliação da Atenção Integral à Saúde realizada pelo ERS. A análise demonstrou a precariedade desses municípios no desenvolvimento das ações de Assistência Farmacêutica na Atenção Básica, a ausência do profissional farmacêutico, deficiência de estrutura física, falta de protocolos de trabalho para operacionalização e o não envolvimento de outros profissionais, fazendo com que a Assistência Farmacêutica não passe de mera dispensação de medicamentos, havendo gastos desnecessários por perda e mau uso dos mesmos por parte do usuário.Por outro lado, observou-se que a auditoria na assistência farmacêutica necessita de instrumentos direcionados a essa área especifica para a correção das não conformidades. Portanto, conclui-se que o ERS Água Boa necessita de uma reorganização, não só referente à Assistência Farmacêutica, mas também na Atenção Básica. A Auditoria desempenha um papel de suma importância dentro dessa realidade, monitorando e avaliando essas áreas para orientar o gestor municipal quanto à sua tomada de decisão e responsabilidades.