A descentralização da saúde implementada no decorrer dos anos 90 tem assumido feições e contornos singulares, o que a coloca como um fenômeno permeado pelas influências político-institucionais, circunstanciada à correlação de forças intra e inter níveis de governos. A permeabilidade da descentralização aos fatores estruturais, conjunturais e políticos e os conflitos dela decorrentes, constituíram-se no argumento principal para a realização desta pesquisa, que tem como objeto de estudo a gestão descentralizada dos Programas de DST/Aids no estado da Bahia, visando à análise da implementação deste programa no contexto da implantação do Sistema Único de Saúde no período de 2007 a 2008. Para tanto foi realizado um estudo exploratório em dois municípios habilitados para a Política de Incentivo do Programa Nacional de DST/Aids, utilizando-se da estratégia do estudo multicaso, sem caráter avaliativo e/ou comparativo entre as duas unidades de análise em questão. A investigação teve como fonte de informação os documentos oficiais e entrevistas semi-estruturadas com informantes-chave. Utilizou-se também da técnica de observação não participante aos núcleos de gestão do programa e aos serviços assistenciais de DST/Aids. Os resultados do estudo empírico foram analisados à luz do conceito de gestão que ratifica e evidencia a natureza política da descentralização, correlacionado-a à capacidade de decidir, operacionalizar o decidido e sustentar os resultados. Foram evidenciados avanços e conquistas na implementação das ações programáticas de DST/Aids bem como fragilidades no âmbito das dimensões organizacionais, operacionais e de sustentabilidade que se apresentam sob a forma de desafios para os municípios como territórios de práticas de saúde