A hipertensão e o diabetes são importantes problemas de saúde pública. O Sistema Único de Saúde conta com o programa HiperDia, específico para enfrentar esses problemas, o qual contempla um sistema de informações próprio, o SIS-HiperDia. O grau efetivo de implantação do HiperDia e do SIS-HiperDia nos municípios não é bem conhecido em todo o país. Visando a contribuir para preencher essa lacuna, o objetivo deste trabalho foi analisar o processo de implantação do sistema de cadastro e acompanhamento de hipertensos e diabéticos, o SIS-HiperDia, em municípios selecionados no estado da Bahia. Trata-se de estudo de avaliação em que foi desenvolvido um dos seus componentes, a estimativa do grau de implantação com a análise dos seus determinantes contextuais. Coordenadores da atenção básica de 117 municípios responderam a um questionário e preencheram uma planilha com questões acerca das condições de implantação do sistema. As análises foram realizadas com base nos modelos lógico e de contexto elaborados previamente. O SIS-HiperDia foi implantado em apenas 43,6% dos municípios analisados. A implantação foi influenciada por elementos contextuais ligados a questões gerenciais e operacionais, com destaque para a precarização dos vínculos empregatícios, a indisponibilidade de equipamentos de informática e a não realização de capacitações específicas. As fragilidades identificadas, sobretudo, podem ajudar os gestores a desenvolverem estratégias para melhorar a qualidade da informação e usá-las como ferramenta de planejamento e de gestão do cuidado em saúde