Trata-se de trabalho de conclusão de curso que apresenta Projeto de Intervenção a ser implementado em unidades administrativas do Estado de Mato Grosso, Controladoria Geral do Estado (CGE/MT) e Auditoria Geral do Sistema Único de Saúde (AGSUS/SES/MT), com o objetivo de aprimorar o trabalho colaborativo na realização de auditorias relacionadas ao Sistema Único de Saúde (SUS). Aborda-se o histórico da relação entre CGE/MT e AGSUS/SES/MT, assim como as formas de subordinação dos servidores públicos dentro da Administração Pública. Explana-se sobre a estatura constitucional do Sistema de Controle Interno (SCI) e discorre sobre sua estrutura e finalidade no Estado de Mato Grosso, em que as unidades citadas integram como parte deste sistema. Além disto, apresenta a importância da Auditoria no SUS e demonstra sua complexidade, assim como os responsáveis, dentre estes, CGE/MT e AGSUS/SES/MT. Discute-se a metodologia utilizada para implementar o Projeto de Intervenção no ambiente de trabalho destas unidades. O projeto proposto visa discutir a relação existente entre as instituições e sua posição na estrutura administrativa do Estado de Mato Grosso, apresentando suas atribuições e competências com relação ao SUS, conforme a legislação vigente. Também, apresenta diretrizes e possível fluxo de cooperação técnica em processual para explicar como ocorrerão as ações e processos entre as instituições. Encerra-se o projeto com a proposta de minuta de instrução normativa, a ser assinada, conjuntamente, pela CGE/MT, SES/MT e AGSUS/SES/MT, com fluxo de processos, envolvendo a exposição de diretrizes básicas para integração, cooperação e subordinação técnica, considerando as atribuições, competências e processos envolvidos