Abstract In this study for the first-time microbial communities in the caves located in the mountain range of Hindu Kush were evaluated. The samples were analyzed using culture-independent (16S rRNA gene amplicon sequencing) and culture-dependent methods. The amplicon sequencing results revealed a broad ...
Antibiosis,
Bacterias/clasificación,
Bacterias/genética,
Bacterias/crecimiento & desarrollo,
Bacterias/aislamiento & purificación,
Biota,
Análisis por Conglomerados,
ADN de Archaea/química,
ADN de Archaea/genética,
ADN Bacteriano/química,
ADN Bacteriano/genética,
ADN Ribosómico/química,
ADN Ribosómico/genética,
Microbiología Ambiental,
Euryarchaeota/clasificación,
Euryarchaeota/genética,
Euryarchaeota/crecimiento & desarrollo,
Euryarchaeota/aislamiento & purificación,
Metagenómica,
Pakistán,
Filogenia,
ARN Ribosómico 16S/genética,
Análisis de Secuencia de ADN
ABSTRACT We developed a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for the detection of Y. pestis by targeting the 3a sequence on chromosome. All 11 species of the genus Yersinia were used to evaluate the specificity of LAMP and PCR, demonstrating that the primers had a high level of specificity...
Cartilla de ADN/genética,
ADN Bacteriano/química,
ADN Bacteriano/genética,
ADN Bacteriano/aislamiento & purificación,
Separación Inmunomagnética,
Magnetismo/instrumentación,
Magnetismo/métodos,
Técnicas de Amplificación de Ácido Nucleico/instrumentación,
Técnicas de Amplificación de Ácido Nucleico/métodos,
Peste/microbiología,
Reacción en Cadena de la Polimerasa,
Sensibilidad y Especificidad,
Yersinia pestis/clasificación,
Yersinia pestis/genética,
Yersinia pestis/aislamiento & purificación
BACKGROUND: The clinical outcome of Helicobacter pylori (H. pylori) infection has been related to the presence of CagA protein. This protein is highly polymorphic and its oncogenic ability depends on the number and type of tyrosine phosphorylation sites in the EPIYAs repeat sequences (A, B, C and D). AIM...
Infecciones por Helicobacter/microbiología,
Infecciones por Helicobacter/patología,
Helicobacter pylori/genética,
Neoplasias Gástricas/microbiología,
Neoplasias Gástricas/patología,
Secuencias de Aminoácidos,
Endoscopía del Sistema Digestivo,
Comités de Ética,
Chile/epidemiología,
Biopsia,
Epidemiología Descriptiva,
Antígenos Bacterianos/genética,
Proteínas Bacterianas/genética,
Infecciones por Helicobacter/epidemiología,
Análisis de Secuencia de ADN,
Neoplasias Gástricas/epidemiología,
ADN Bacteriano/química,
ADN Bacteriano/genética
Abstract Worldwide increasing emergence of carbapenem-resistant Acinetobacter spp. has rendered the limited availability of effective antimicrobial agents and has become a major public health concern. In this study, we report the draft genome sequence of A. pittii TCM156, a multidrug-resistant isolate th...
Infecciones por Acinetobacter/microbiología,
Acinetobacter/genética,
ADN Bacteriano/química,
Farmacorresistencia Bacteriana Múltiple,
Genoma Bacteriano,
Análisis de Secuencia de ADN,
beta-Lactamasas/metabolismo,
Acinetobacter/efectos de los fármacos,
Acinetobacter/enzimología,
Acinetobacter/aislamiento & purificación,
Composición de Base,
China,
ADN Bacteriano/genética
Abstract Serratia marcescens is a Gram-negative rod intrinsically resistant to polymyxins and usually associated with wound, respiratory and urinary tract infections. The whole genome of the first GES-5-producing S. marcescens isolated from a Brazilian patient was sequenced using Ion Torrent PGM System. ...
ADN Bacteriano/química,
ADN Bacteriano/genética,
Genoma Bacteriano,
Análisis de Secuencia de ADN,
Serratia marcescens/enzimología,
Serratia marcescens/genética,
beta-Lactamasas/metabolismo,
Brasil,
Proteínas de Transporte de Membrana/genética,
Serratia marcescens/aislamiento & purificación,
Transferasas/metabolismo,
beta-Lactamasas/genética
Abstract The aerobic degradation of aromatic compounds by bacteria is performed by dioxygenases. To show some characteristic patterns of the dioxygenase genotype and its degradation specificities, twenty-nine gram-negative bacterial cultures were obtained from sediment contaminated with phenolic compound...
Dioxigenasas/genética,
Dioxigenasas/metabolismo,
Bacterias Gramnegativas/enzimología,
Bacterias Gramnegativas/metabolismo,
Fenol/metabolismo,
Acinetobacter,
Alcaligenes,
Carbono/metabolismo,
China,
Análisis por Conglomerados,
ADN Bacteriano/química,
ADN Bacteriano/genética,
ADN Ribosómico/química,
ADN Ribosómico/genética,
Contaminación Ambiental,
Sedimentos Geológicos/microbiología,
Bacterias Gramnegativas/clasificación,
Bacterias Gramnegativas/genética,
Filogenia,
Reacción en Cadena de la Polimerasa,
Pseudomonas,
ARN Ribosómico 16S/genética,
Análisis de Secuencia de ADN,
Contaminantes del Suelo/metabolismo,
Biotransformación
Abstract We report here the draft genome sequence of Acinetobacter sp. Strain V2 isolated from the oil contaminated soil collected from ENGEN, Amanzimtoti, South Africa. Degradation of phenolic compounds such as phenol, toluene, aniline etc. at 400 ppm in 24 h and oil degrading capability makes this orga...
Acinetobacter/genética,
Acinetobacter/metabolismo,
ADN Bacteriano/química,
ADN Bacteriano/genética,
Aceites/metabolismo,
Análisis de Secuencia de ADN,
Genoma Bacteriano,
Acinetobacter/aislamiento & purificación,
Composición de Base,
Biotransformación,
Fenoles/metabolismo,
Microbiología del Suelo,
Contaminantes del Suelo/metabolismo,
Sudáfrica
Abstract Ralstonia solanacearum is a heterogeneous species complex causing bacterial wilts in more than 450 plant species distributed in 54 families. The complexity of the genome and the wide diversity existing within the species has led to the concept of R. solanacearum species complex (RsSC). Here we r...
ADN Bacteriano/química,
Genoma Bacteriano,
Genotipo,
Enfermedades de las Plantas/microbiología,
Ralstonia solanacearum/genética,
Análisis de Secuencia de ADN,
Solanum tuberosum/microbiología,
ADN Bacteriano/genética,
India,
Ralstonia solanacearum/clasificación,
Ralstonia solanacearum/aislamiento & purificación
Abstract Pseudomonas taiwanensis strain SJ9 is a caprolactam degrader, isolated from industrial wastewater in South Korea and considered to have the potential for caprolactam bioremediation. The genome of this strain is approximately 6.2 Mb (G + C content, 61.75%) with 6,010 protein-coding sequences (CDS...
Caprolactama/metabolismo,
ADN Bacteriano/química,
ADN Bacteriano/genética,
Genoma Bacteriano,
Pseudomonas/genética,
Pseudomonas/metabolismo,
Análisis de Secuencia de ADN,
Composición de Base,
Biotransformación,
Residuos Industriales,
Corea (Geográfico),
Anotación de Secuencia Molecular,
Sistemas de Lectura Abierta,
Pseudomonas/aislamiento & purificación,
Microbiología del Agua
