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Selective intra-dinucleotide interactions and periodicities of bases separated by K sites: a new vision and tool for phylogeny analyses

Valenzuela, Carlos Y.
Biol. Res; 50 (), 2017
Direct tests of the random or non-random distribution of nucleotides on genomes have been devised to test the hypothesis of neutral, nearly-neutral or selective evolution. These tests are based on the direct base distribution and are independent of the functional (coding or non-coding) or structural (rep...
Secuencia de Bases/genética, Genoma, Nucleótidos/genética, Filogenia, Análisis de Secuencia de ADN/métodos, Colágeno/genética, ADN Mitocondrial/genética, Drosophila melanogaster/genética, Epistasis Genética/genética, VIH-1/genética, Nucleótidos/química, Células Procariotas/química, Algoritmos, Distribución de Chi-Cuadrado, Estructuras Cromosómicas, Evolución Molecular, Flujo Genético, Periodicidad, Valores de Referencia, Secuencias Repetidas en Tándem
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The structure of selective dinucleotide interactions and periodicities in D melanogaster mtDNA

Valenzuela, Carlos Y.
Biol. Res; 47 (), 2014
BACKGROUND: We found a strong selective 3-sites periodicity of deviations from randomness of the dinucleotide (DN) distribution, where both bases of DN were separated by 1, 2, K sites in prokaryotes and mtDNA. Three main aspects are studied. I) the specific 3 K-sites periodic structure of the 16 DN. II) ...
Evolución Biológica, ADN Mitocondrial/química, Drosophila melanogaster/genética, Epistasis Genética, Nucleótidos/química, Secuencia de Bases/genética, Nucleótidos/genética, Genoma, Fenotipo, Procesos Estocásticos
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DNA sequence variation of drought-response candidate genes in Austrocedrus chilensis

Pomponio, María F; Torales, Susana; Gallo, Leonardo A; Pastorino, Mario J; Marchelli, Paula; Cervera, María Teresa; Poltri, Susana Marcucci.
Electron. j. biotechnol; 16 (2), 2013
Background: Austrocedrus chilensis (D. Don) Pic. Ser. et Bizzarri commonly known as Patagonian cypress is a member of the Cupressaceae family, characterized by a high adaptive potential for growing in marginal areas and good timber quality. The species grows over a wide area and under a wide range of rai...
Cupressaceae/genética, Cupressaceae/fisiología, Sequías, Adaptación Fisiológica/genética, Secuencia de Bases, Variación Genética, Polimorfismo de Nucleótido Simple, Selección Genética, Reacción en Cadena de la Polimerasa, Estructuras Genéticas, Genética de Población, Nucleótidos/genética
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Identificação de RNAs longos não-codificadores de proteínas regulados por micro-RNAs

Amaral, Murilo Sena.
Estudos recentes têm revelado que a maior parte dos transcritos gerados em células humanas é composta por RNAs não-codificadores de proteínas (ncRNAs). Uma parte desses ncRNAs compreende a classe de RNAs curtos, que possuem menos que 200 nucleotídeos. Os micro-RNAs (miRNAs) fazem parte dessa classe...
Satélite de ARN, Proteínas de Unión al GTP, Expresión Génica/genética, MicroARNs/genética, Análisis de Secuencia de ARN/métodos, Nucleótidos/genética, ARN Largo no Codificante/análisis, Western Blotting/métodos
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