La endoftalmitis infecciosa es una condición intraocular grave, aunque poco frecuente, que puede llevar a la pérdida de la visión. El diagnóstico etiológico precoz y el tratamiento adecuado llevan a una mejor evolución. Las técnicas microbiológicas convencionales tienen baja sensibilidad en el diagnóstico de la endoftalmitis infecciosa, en cambio la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) es un método de mayor sensibilidad que está siendo utilizado ampliamente. El objetivo fue determinar por cultivo y PCR la etiología de la endoftalmitis infecciosa en pacientes que consultaron en centros oftalmológicos de Paraguay. Se estudiaron muestras de humor vítreo obtenidas por punción de 51 pacientes con endoftalmitis. La muestra se dividió en dos alícuotas; una para el estudio microbiológico convencional y la otra para la PCR anidada. Esta última utiliza un par de cebadores basado en secuencias conservadas del gen 16S ribosomal y cebadores específicos para bacterias gram positivas. Se estandarizó la PCR logrando una sensibilidad de detección de 3.10-5 ng/µl para S. aureus, 2,5.10-3 ng/µl para S. pneumoniae y 6.10-7 ng/µl para E. coli. De las 51 muestras, 12 (23,5%) fueron positivas por métodos microbiológicos convencionales y 26 (51,0%) por la PCR anidada. Por cultivo se identificaron predominantemente bacterias grampositivas 8/11 (73%) y un aislado de hongo filamentoso. La PCR anidada presentó muy buena sensibilidad y de gran utilidad en la identificación del origen bacteriano de la endoftalmitis, mejorando la sensibilidad del cultivo en 27,5%. La discriminación bacteriana en grampositivos y gramnegativos por la PCR se correlacionó con el cultivo en el 100% de los casos(AU)