O desenvolvimento dos mestrados profissionais em saúde coletiva constitui uma oportunidade para reflexão acerca da situação atual e das tendências da própria área, enquanto campo de saber e práticas. Trata-se de uma modalidade de formação de pessoal que além de primar pela produção de conhecimento, detém um significado estratégico para a qualificação dos sujeitos que atuam na gestão e operacionalização das políticas e práticas de saúde em consonância com o ideário da reforma sanitária no nosso país. Esse artigo tem por objetivo apresentar o Programa de Mestrado Profissional em Saúde Coletiva do Instituto de Saúde, seu projeto político-pedagógico, o perfil dos docentes e alunos e as temáticas trabalhadas nos projetos de pesquisa desenvolvidos no âmbito do Programa. Além disso, traz reflexões sobre os desafios e lições aprendidas ao longo de nove anos de implementação da proposta.