Resumo Os cursos de pós-graduação stricto sensu foram regulamentados com o objetivo de fomentar a formação de docentes universitários e pesquisadores para atender à expansão do ensino superior e estimular o desenvolvimento da pesquisa. Hoje, a pós-graduação brasileira ultrapassa os limites da academia, especialmente após a instituição dos mestrados e dos doutorados profissionais. Este é um estudo documental, que incluiu relatórios de gestão da Escola Superior de Ciências da Saúde (ESCS), assim como produções bibliográficas e técnicas institucionais. A ESCS atualmente oferta três programas de pós-graduação stricto sensu: Mestrado Profissional em Ciências para a Saúde, Mestrado Acadêmico em Ciências da Saúde e Mestrado Profissional em Saúde da Família (ProfSaúde). A experiência da ESCS representa um esforço de integração ensino, pesquisa e assistência, no qual se destaca a preocupação em desenvolver a interface com as políticas públicas de saúde. Todavia, o ambiente institucional é complexo por ser uma instituição de ensino superior vinculada a uma Secretaria de Estado de Saúde, o que favorece o desenvolvimento pleno do potencial crítico, criativo e humanístico dos docentes e discentes. Porém, por outro lado, desafia a consistência científica e a característica disruptiva de seus produtos e processos.