La infección por citomegalovirus postrasplante cardiaco es una condición médica recurrente. Su frecuencia se incrementa cuando los donantes poseen serología positiva y los receptores presentan serología negativa para el virus. En la población pediátrica, la enfermedad solo se desarrolla en un porcentaje pequeño y raramente presentan resistencia al tratamiento convencional con ganciclovir y valganciclovir. Presentamos el primer reporte de caso pediátrico de enfermedad por citomegalovirus resistente a ganciclovir y valganciclovir postrasplante cardiaco en un hospital público peruano, con una presentación inusual. La resistencia a estos fármacos fue evidente luego de 277 días de evolución de la enfermedad, ante la no remisión de la sintomatología y la persistencia de una carga viral elevada. La posterior administración de foscarnet condujo a una mejora clínica y de laboratorio, hasta la remisión de la enfermedad.