RESUMEN Objetivos. Determinar la proporción de microcefalia en recién nacidos en establecimientos de salud (EESS) de nivel II y III del Ministerio de Salud (MINSA) de Perú durante el periodo 2005-2013. Materiales y métodos. Se realizó un análisis secundario de las bases de datos del Sistema Informático Perinatal durante 2005-2013. La identificación de microcefalia se realizó aplicando los criterios de la Organización Mundial de la Salud (OMS), de Fenton, mixto (OMS-Fenton) y de proporcionalidad. Se estimaron las proporciones y tasas de microcefalia por 10 000 nacidos vivos (NV) por regiones y se comparó la concordancia, considerando al parámetro de OMS como referencia. Resultados. La proporción de microcefalia durante el 2005 a 2013 fue de 3,4%, la tasa promedio de microcefalia fue de 335 por 10 000 NV según el criterio de OMS. El parámetro mixto mostró una concordancia sustancial (Kappa de 0,635), mientras que el de proporcionalidad mostró una concordancia razonable (Kappa de 0,298). Conclusiones. La proporción de microcefalia en EESS de nivel II y III del MINSA fue mayor a lo reportado en otros países de la región antes de la aparición del Zika en las Américas. Las variaciones de las frecuencias observadas con las de otros países y entre las regiones peruanas, se podrían explicar por diferentes factores, como la técnica de medición del perímetro cefálico, captura de datos, factores constitucionales y determinantes sociales. Sugerimos estandarizar las mediciones y su registro, uniformizar los criterios de diagnóstico y establecer las estrategias sanitarias para fortalecer la vigilancia epidemiológica de las causas de la microcefalia.