Introducción. Las bacteriemias de origen oral pueden ocurrir después de procedimientos odontológicos y de otros actos cotidianos. Algunas condiciones de la cavidad oral favorecen las bacteriemias como en el caso de pacientes con diabetes mellitus y periodontitis que presentan inflamación gingival exacerbada. Objetivo. Comparar la eficacia de un método independiente de cultivo (PCR cuantitativa) y otro dependiente (BacT-ALERT 3D ® ) en la detección de la bacteriemia. Materiales y métodos. Se tomaron muestras de sangre de individuos con diabetes mellitus de tipo II y periodontitis, antes y después de la masticación de manzana. Una alícuota se procesó por el sistema automatizado de hemocultivo (BacT-ALERT 3D ® ) y se monitorizó durante 15 días; la otra alícuota fue tratada para la extracción del ADN y procesada por RT-PCR usando un conjunto de cebadores de 16S rDNA exclusivos para bacterias. Resultados. En las muestras tomadas antes de masticar se confirmó la ausencia de bacterias mediante los dos métodos. En las muestras tomadas después de masticar la presencia de bacterias se evidenció únicamente en dos hemocultivos y en ninguna de las muestras se detectó la presencia de bacterias con el método de RT-PCR. Conclusiones. La PCR cuantitativa no mostró mayor eficacia que el BacT-ALERT 3D ® en la detección de la bacteriemia de origen oral.