Resumo A ocorrência de Eimeria Schneider, 1875 em mamíferos da ordem Didelphimorphia, indica a predisposição à infecção desses animais, que, por sua vez, é determinada principalmente por seus hábitos alimentares. O objetivo do presente trabalho foi avaliar o parasitismo por Eimeria spp. em marsupiais da Mata Atlântica da região Sul da Bahia. Amostras fecais foram coletadas de marsupiais capturados nas regiões de Ilhéus, Una, Belmonte e Mascote, com armadilhas do modelo de Sherman (23 × 8 × 9 cm), Tomahawk (50 × 17 × 17 cm) e queda e analisado pelo método de centrífugo flutuação modificado de Sheather. Os oocistos foram identificados pela avaliação microscópica de sua morfologia e morfometria. Didelphis aurita Wied-Neuwied, 1826, Gracilinanus agilis Burmeister, 1854, Monodelphis americana Müller, 1776, Marmosa demerarae O. Thomas, 1905 e Marmosa murina Linnaeus, 1758 foram parasitados por Eimeria philanderi Lainson & Shaw, 1989 e Eimeria gambai Carini, 1938. Parasitismo misto para esses dois coccidios foi observado em dois dos 56 marsupiais amostrados. Em conclusão, este trabalho registra novos hospedeiros para E. philanderi e E. gambai, bem como o estado da Bahia como um novo local de distribuição para esses coccidios.