Resumen Objetivo. Evaluar la calidad sanitaria del agua del Humedal Córdoba, por medio de indicadores de aguas residuales (coliformes totales, Escherichia coli y Enterococcus) y otros grupos bacterianos como Pseudomonas y Aeromonas. Métodos. Se tomaron quince muestras de agua de diferentes puntos de los sectores dos y tres del humedal, tanto en época de lluvia como en época seca. El recuento de microorganismos se realizó por el método de filtración de membrana siguiendo el Standard Methods. Resultados. Las aguas del Humedal Córdoba contienen un alto número de coliformes totales por lo que no deben ser usadas para fines de consumo humano y doméstico, agrícola o recreativo. La concentración de bacterias pertenecientes a los grupos de Coliformes y Enterococcus confirma la contaminación de origen fecal en todo el ecosistema. Esta contaminación se asocia al vertimiento de aguas residuales al humedal.