Introducción. Las infecciones por Chlamydia trachomatis y Neisseria gonorrhoeae son las dos infecciones bacterianas de transmisión sexual más frecuentes en el mundo, principalmente en menores de 25 años, en cuya salud sexual, reproductiva y materno-infantil producen secuelas. Objetivo. Estimar la prevalencia de las infecciones por C. trachomatis y N. gonorrhoeae entre adolescentes en colegios de la provincia de Sabana Centro, Cundinamarca, Colombia. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de corte transversal en adolescentes de 14 a 19 años matriculados en colegios ubicados en los 11 municipios de la zona de estudio. Después de obtener el consentimiento informado, los participantes llenaron una encuesta y recolectaron una muestra de orina para la detección de C. trachomatis y N. gonorrhoeae mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real. Resultados. En una muestra de 972 adolescentes sexualmente activos, se encontró una prevalencia de infección por C. trachomatis del 2,24 % y, por N. gonorrhoeae , del 0,10 %. No se detectaron infecciones concomitantes. De las estudiantes positivas para C. trachomatis , el 21,4 % eran asintomáticas. Se encontró una relación significativa entre la infección por C. trachomatis y el sexo femenino, el consumo de alcohol u otras sustancias durante la última relación sexual, el tener una o varias parejas y la presencia de alguna infección de transmisión sexual. Conclusiones. La prevalencia de infecciones por C. trachomatis fue inferior a la reportada en grupos similares y se presentaron menos casos asintomáticos en comparación con la tendencia general. Se recomienda implementar en el país un sistema de vigilancia epidemiológica para estas dos infecciones de transmisión sexual mediante la tamización con técnicas moleculares no invasivas, para priorizar estrategias preventivas en las poblaciones de mayor riesgo.