RESUMEN Este artículo analiza la eficiencia y los cambios productivos en la cobertura de las 32 instituciones de educación superior colombianas pertenecientes al Sistema de Universidades Estatales durante el periodo 2003-2012. Para tal fin, se empleó el análisis envolvente de datos y el índice de productividad de Malmquist para analizar los datos sobre matrícula de pregrado y posgrado, número docentes de tiempo completo, gasto en personal administrativo y recursos financieros y físicos. Los resultados muestran que, aproximadamente, todas las instituciones evaluadas obtienen eficiencias por encima de 70 % y crecimientos promedios de su productividad a una tasa aproximada de 9 %. Sin embargo, se observan profundas diferencias entre los desempeños interregionales, sobre todo entre la región andina y la región caribe.