O objetivo do estudo foi avaliar as alterações, após um programa de exercícios aquáticos, dos parâmetros antropométricos e de qualidade de vida relacionada à saúde (QVRS) em crianças com sobrepeso ou obesidade. Trata-se de um ensaio clínico não-randomizado e controlado realizado na cidade de Uberaba, Minas Gerais com participação de 33 crianças com média de idade de 9,10 ± 1,00 anos, de ambos os sexos. As crianças foram alocadas em grupo controle (GC, n = 21) e grupo experimental (GE, n = 12). O GE realizou 21 semanas de exercícios aquáticos de caráter aeróbio recreativo, 54 sessões de 60 minutos cada. No baseline e pós-intervenção, foram avaliados massa corporal, estatura, IMC e QVRS por meio do Questionário Pediátrico de Qualidade de Vida (Pedsql versão 4.0). Observou-se efeito significativo do tempo no aspecto emocional da QVRS relatada pelos filhos (p = 0,009), houve redução dos escores do GE e aumento nos escores do GC. Na dimensão atividade escolar houve tendência para interação tempo*grupo (p = 0,059), em que observamos redução dos escores no GE e aumento no GC após 21 semanas. Em relação à antropometria e QVRS relatada pelos pais, não foram observadas diferenças significativas em ambos os grupos. Em conclusão, houve alterações significativas na dimensão emocional relatado pelas crianças, porém, a intervenção não alterou significativamente a antropometria e demais dimensões da QVRS de crianças com sobrepeso ou obesidade