Os coccídios intestinais compreendem um grupo de protozoários emergentes e oportunistas. As manifestações clínicas causadas podem variar desde diarreia autolimitada até quadros crônicos associados a distúrbios eletrolíticos. Com a pandemia do HIV/ AIDS, essas infecções ganharam notoriedade devido ao quadro agressivo nesses pacientes. Segundo dados da literatura, em pacientes HIV positivos foram encontradas taxas de infecção média de 24%. Dentre os coccídios intestinais, Cryptosporidium sp. possui maior destaque devido ao seu caráter zoonótico. Há registros da recuperação frequente de oocistos em cães e gatos, tendo sido encontrados em 100% dos animais analisados em um hospital veterinário. Além disso, bovinos também podem atuar como reservatórios, com prevalências no Brasil variando de 0,6% a 72,13%. Atualmente, há variadas técnicas para diagnóstico desses coccídios, desde métodos microscópicos que apresentam limitações técnicas até moleculares com elevado custo associado. Além da importância médica, a prevalência de coccidioses intestinais é relevante como um indicador do status socioeconômico de determinada população e da intensidade de transmissão seja ela antroponótica ou zoonótica. Entretanto, ainda são necessárias melhorias no sentido de tornar mais acessíveis novas técnicas diagnósticas, para se detectarem com mais facilidade e confiabilidade os coccídios intestinais.