Se observa un proceso de feminización de la profesión médica, sin embargo, el acceso masivo de las mujeres se asocia a nuevas desigualdades de género, denominadas segregación horizontal y vertical. La segregación horizontal se manifiesta en la desigual distribución de hombres y mujeres en ciertas especialidades médicas y la segregación vertical, en la escasa representación de las mujeres en la mayoría de los altos cargos profesionales. El objetivo de este estudio fue determinar cómo se distribuyen hombres y mujeres en las distintas instancias del proceso que implica el ingreso al sistema de residencias médicas de un hospital universitario de Buenos Aires, Argentina y analizar la segregación horizontal y vertical de género en el proceso de ingreso a las residencias médicas. A partir de datos de postulantes a un hospital universitario, en el período 2015-2017, se realizó un análisis de regresión logística múltiple para ajustar el odds ratio de ser hombre o mujer con potenciales confundidores. No se observó asociación entre ser hombre o mujer y la realización del examen, su aprobación y el ingreso a entrevista. El odds ratio ajustado para el ingreso a la residencia de los hombres con respecto a las mujeres fue 2.03 (1.44-2.85). Para las residencias quirúrgicas fue 2.75 (1.54-4.92) y para las clínicas fue 1.89 (1.17-3.00). En la inscripción, las mujeres optaron mayormente por residencias clínicas, y los hombres por quirúrgicas. Se observó segregación horizontal y vertical en el proceso de ingreso a la residencia. Visibilizar la segregación de género permitirá generar una sociedad equitativa.