Resumen El objetivo de este estudio es analizar las desigualdades de género en la relación del conflicto empleo familia (CEF) con el estado de salud de la población trabajadora de Quito y Guayaquil. Se trata de un estudio transversal de una muestra representativa de la población trabajadora no agrícola, con edad igual o mayor a 18 años y afiliada a la seguridad social, que fue entrevistada entre 2016-2017 en la I Encuesta sobre Condiciones de Seguridad y Salud en el Trabajo de Quito y Guayaquil (n=1729). Se emplearon modelos de regresión de Poisson con varianza robusta, separados por sexo, para calcular las razones de prevalencia ajustadas de seis indicadores de salud. En ambos sexos, el CEF se asoció con mala salud autopercibida, mala salud mental, dolor o molestias de cabeza y de espalda, aunque la magnitud de asociación fue mayor en las mujeres. Además, en las mujeres el CEF se asoció con problemas digestivos (RPa=1,65; IC 95%: 1,17-2,34). En ninguno de los dos sexos se observó asociación entre el CEF y los accidentes de trabajo. Los resultados del presente estudio muestran que el CEF se asocia con malas condiciones de salud en la población trabajadora, particularmente en las mujeres. Las políticas públicas e intervenciones en los centros de trabajo dirigidas a alcanzar un equilibrio entre el empleo y la vida familiar desde una perspectiva de género podrían resultar en una reducción en los daños a la salud y en las desigualdades de género en salud.