Se presenta una revisión sistemática de la bibliografía para esclarecer diferencias entre el conjunto de características microbiológicas de la periimplantitis y el de la periodontitis. De acuerdo a la declaración PRISMA, se realizaron búsquedas en bases de datos (PubMed, EBSCOhost, LILACS, Web Of Science y Clinical Key) y se seleccionaron artículos originales y revisiones sistemáticas donde se compararan o analizaran datos microbiológicos obtenidos de muestras de biopelículas subgingivales de pacientes con periodontitis y periimplantitis. El peso de la evidencia se evaluó por medio de las escalas de Newcastle-Ottawa y PRISMA. De los 335 artículos identificados, se incluyeron 12, de los cuales 9 fueron estudios observacionales y 3 revisiones sistemáticas. Se obtuvo que las características microbiológicas asociadas a la periimplantitis son similares a las de la periodontitis debido a que comparten un porcentaje de su microbiota, como es el caso de los agentes periodontopatógenos; sin embargo, se encontraron bacterias relacionadas únicamente al surco periimplantar. Finalmente, se destacó que en la periimplantitis figuran bacterias que en su mayoría son gramnegativas anaerobias, periodontopatógenas, oportunistas y no cultivables; es decir, que sus características microbiológicas resultan complejas y difieren de las específicas de la periodontitis.