La enfermedad celíaca (EC) parece estar cambiando en su clínica, desde formas diarreicas con desnutrición hasta aquellas con clínica más silente y más tardía. La enteropatía de la EC ocurre con malabsorción de macro- y micronutrientes, que incluyen Fe, Zn, Cu, folato, Ca, vitaminas E, D, B12 y B6, con mecanismos de transporte alterados. La anemia ferropriva se ha descrito en EC como única manifestación o como la manifestación extraintestinal más frecuente. La deficiencia de Zn es frecuente en EC, asociada a un retraso de crecimiento y alteraciones inmunitarias. La malabsorción intestinal puede comprometer la absorción de vitamina D, aunque su aporte dietario es responsable solo del 20% de las concentraciones séricas, por lo que lo importante es la exposición dérmica al sol. La causa de deficiencia de vitamina B12 en EC es desconocida; debe considerarse ante alteraciones neurológicas y hematológicas. La deficiencia de Cu se ha descrito de preferencia en celíacos adultos. Se concluye que, en el seguimiento de la EC, debiera estudiarse periódicamente la deficiencia de micronutrientes por sus consecuencias a largo plazo; debe sospecharse una EC ante signos clínicos no explicados de deficiencia de micronutrientes.