La microcirugía endodóntica (MCE) es una alternativa al tratamiento no quirúrgico de la periodontitis apical persistente. Por su evolución junto a los avances tecnológicos, la incorporación de la tomografía computarizada de haz cónico (CBCT), la tecnología de impresión tridimensional (3D) y las guías quirúrgicas diseñadas con software asistido por computadora, han permitido implementar la planificación digital llevada a cabo en el acto quirúrgico. El objetivo de este informe es describir un caso clínico de MCE guiada, con un protocolo de diseño digital y el uso de una guía quirúrgica impresa en resina biocompatible, diseñada con precisión de acuerdo con las mediciones de CBCT preoperatorias. Se diseñó un kit de trefinas con “sleeves” (Neokings) para realizar la osteotomía y resección de los últimos 3 mm apicales direccionados por la guía quirúrgica. La tabla cortical intacta se recuperó y se utilizó como injerto junto con plasma rico en fibrina. La guía de cirugía apical permite al profesional lograr ubicar con precisión los tejidos objetivos de la cirugía y acortar el tiempo del procedimiento. Un control CBCT inmediato mostró la planificación exacta en 3D del sitio quirúrgico (AU)