El complejo mancha de asfalto (CMA) en maíz (ZeamaysL.), causado por los hongos Phyllachora maydis Maubl. Y Monographella maydis Müller & Samuels, es una enfermedad de importancia económica en Guatemala, que ha causado pérdida en el rendimiento entre 30 a 50%, inclusive del 100% si las condiciones son favorables. El objetivo de esta investigación fue identificar marcadores de un solo nucleótido o SNP (Single Nucleotide Polymorphism, por sus siglas en inglés) y genes candidatos asociados a la tolerancia genética al CMA. Para ello se analizaron 463 poblaciones nativas y 329,692 SNP, y se compararon dos modelos genómicos, single markery BayesB, para la identificación de regiones asociadas a la tolerancia genética al CMA. Se identificaron 40 marcadores SNP asociados significativamente a la tolerancia genética al CMA con ambos modelos. La proporción de variación fenotípica total explicada (PVE) por los 40 SNPs fue de 56%, atribuida a efectos genéticos aditivos. Múltiples genes de resistencia a enfermedades fueron identificados en las regiones señaladas por los marcadores SNP. Sus funciones principales son receptores y transductores de señal, factores de transcripción que regulan positivamente la expresión de genes de tolerancia y genes de la familia kinasa, por lo que potencialmente están involucrados en el mecanismo de defensa al CMA.