El presente estudio Diferencias clínicas entre el Chikungunya y el Dengue en la población salvadoreña que consultó de junio a diciembre de 2014, UCSF donde laboraron estudiantes de medicina en servicio social de la Universidad Salvadoreña Alberto Masferrer en el 2015; distribuidas a nivel de todo el país: 5 Regiones, 16 SIBASI y 75 Centros a nivel de atención primaria. La fiebre Chikungunya (CHIKV) tiene el cuadro clínico muy similar al Dengue y un paciente puede llegar a padecer ambas infecciones. El diagnóstico para ambos virus puede confirmarse por la presencia de anticuerpos IgM e IgG, por Hemograma Completo y por Clínica, sin embargo, ambos tienen diferencias que anotar. La hipótesis nula general es que NO se presentaronmanifestaciones clínicas para el diagnóstico, que permitieron la diferenciación entre los casos de CHIKV con respecto a los de Dengue. Las variables estudiadas fueron características sociodemográficas, calidad de los datos, clasificación según norma del MINSAL (Clínica y Laboratorio), signos y síntomas, cumplimiento según normas de los tratamientos, la morbimortalidad. Tipo de estudio fue Observacional, descriptivo; el período del estudio fue junio a diciembre de 2014, los participantes, pacientes de las UCSF. El método utilizado fue la Observación, la técnica fue encuesta y el instrumento fue la Boleta recolectora de datos de la población estudiada de cada UCSF. El universo fue de 8706 casos y la muestra fue de 8706 casos, significando el 100%, muestreo sistemático en unos grupos con muestra de 120 pacientes por cada estudiante; proceso de recolección de la muestra a razón de dos expedientes por día; para registrar los datos se utilizó Boleta recolectora de datos, que se basó en la presencia o ausencia de signos y síntomas diferenciales entre CHIKV y Dengue de cada paciente. El análisis de los resultados incluye que, de un total de 8706 expedientes revisados, el 58.2 % fueron casos de CHIKV y 41.8 % de Dengue, el sexo mayormente afectado fue el femenino para ambas enfermedades, el Dengue en el 55 % de los casos ocurrió en menores de 20 años, contra el 38 % de los casos con CHIKV más frecuentes en mayores de 60 años; más casos de CHIKV y Dengue en área rural; de los que estudian es menor en los casos de CHIKV con el 30.3 %, comparado con el Dengue que representó el 39.2 %. La calidad de datos por notificación, visita y nexo, se califica como parcialmente alto (51 a 74 %) siendo de las variables para hacer el diagnóstico, la que presenta mayor porcentaje (87.5 %), con notificaciones de casos del 97.7%. En el 89.4 % de todos los casos se cumplió con los lineamientos de la norma, el tratamiento adecuado es menor en casos de CHIKV que en Dengue. En el manejo clínico, la fiebre mayor de 39.5 grados se encuentra reportada en el 70,4 % de los casos sin diferencias entre los casos de CHIKV y Dengue., 71.7 % de los casos presentaron artralgias siendo en CHIKV 82.6 %, RR = 3.8 (3.4 – 4.2), que es 3.8 veces más frecuente que en Dengue., las mialgias se presentaron con menor frecuencia en CHIKV que en Dengue RR = 0.34 (0.3- 0.4). Las lesiones maculopapulares fueron características en CHIKV en 59.5 %, RR = 5.4 (4.8 – 6.0); las lesiones puntiformes fueron más frecuentes en Dengue RR = 0.29 (0.26 – 0.3). La artritis incapacitante en casos de CHIKV se encontró con una relación 3.6 veces mayor que en Dengue RR = 3.6 (3.2 – 4.1). El dolor retro ocular se presentó en el 32.5 % de todos los casos, siendo más frecuente en Dengue que en CHIKV en relación de 2 a 1. El prurito es RR = 2.9 (2.5 – 3.2). En exámenes de laboratorio, N = 8706, se contó con el 59 % (5136) de la información, IgG fue la que se encontró con más datos con el 35 %, de los que la mitad se realizó para pacientes con sospecha de Dengue, la posibilidad de encontrarlo en casos de CHIKV fue menor 21.2% RR = 0.25 (0.22 – 0.28); igual resultado se observa en leucopenia, trombocitopenia, linfopenia y hematocrito elevado. La PCR y la VSG se encontraron en el 13.6 % de los datos, el riesgo de encontrar positivo el PCR fue RR = 2.2 (1.7 – 2.8), 2.2 para CHIKV sobre Dengue, en VSG que el riesgo es mayor RR = 6.1 (4.4 – 8.6). La referencia y morbilidad se presentaron más frecuentemente en el Dengue. Sin embargo las complicaciones reportan que fueron 1.7 veces mayor en CHIKV, por estar embarazada, ser menor de edad o adulto mayor. No se presentaron casos de mortalidad ni complicaciones propias de las enfermedades.