O objetivo do artigo é analisar o efeito da compra direta de alimentos da agricultura familiar para alimentação escolar sobre o déficit de estatura em crianças menores de cinco anos, entre 2013 e 2017, no Brasil. O método utilizado é o estudo ecológico e longitudinal, em que a coleta de dados ocorreu em diferentes bancos de dados. A análise foi realizada por meio do teste t para amostras independentes, a fim de comparar as médias entre as variáveis déficit de estatura e compras da agricultura familiar. Além disso, uma análise multivariável foi feita por meio da regressão linear múltipla. Verificou-se uma diferença de médias na prevalência do déficit de estatura significativa entre os municípios que compraram menos de 30% e aqueles que adquiriram 30% ou mais de alimentos da agricultura familiar para alimentação escolar, com 1,47 pontos de diferença. O modelo de regressão linear mostrou que a cada ponto percentual de aumento na compra de alimentos da agricultura familiar para a alimentação escolar pelo município, haverá, em média, uma diminuição 0,55 pontos na prevalência do déficit de estatura, independentemente das demais variáveis. Assim, conclui-se que a compra de alimentos da agricultura familiar para alimentação escolar no Brasil pode contribuir para a redução da prevalência do déficit de estatura em crianças menores de cinco anos.