Los microorganismos son seres vivos, que han ido adaptándose y evolucionando permitiendo su supervivencia, evadiendo las respuesta innata de los hospedadores e incluso modificando sus estructuras biológicas antes moléculas farmacológicas, que se han, en los últimos años, empleado de manera inadecuadas, bien sea por abuso o por deficiencia en el cumplimiento del esquema del tratamiento, o desaciertos para tratar un germen en específico y, como consecuencia, la actual crisis mundial por la resistencia a los antimicrobianos; considerado un problema de salud pública, requiere de esfuerzos multisectoriales e integrales que aporten soluciones mediatas, a corto y mediano plazo, sostenibles en el tiempo. Para ellos, es clave la formación de los nuevos profesionales, en el área de microbiología, de las diferentes carreras biomédicas. Es por ello, el presente estudio identificó las competencias que deben desarrollar los estudiantes, de seis universidades ecuatorianas. Se aplicaron cuestionarios, inquiriendo la importancia atribuida y el grado de desarrollo percibido de cada competencia mediante escala tipo Likert, además de seis dimensiones distribuidas en 40 indicadores. Se identificó mayor desarrollo de competencias en la identificación del patógeno, diagnóstico y análisis e interpretación de los resultados; además las seis dimensiones educativas fueron clasificadas como relevantes. Sin embargo, los resultados sugieren falencia en el desarrollo de competencias en la temática de resistencia antimicrobiana, por lo que se sugiere la revisión de los contenidos programáticos y aplicar nuevas herramientas pedagógicas que permitan al estudiantado aprender a aprender, aplicando un modelo socio-critico, y como base la investigación y el conocimiento científico actualizado(AU)