Monkeypox virus genome sequence from an imported human case in Colombia

Laiton Donato, Katherine; Álvarez Díaz, Diego Alejandro; Franco Muñoz, Carlos Esteban; Ruiz Moreno, Héctor Alejandro; Rojas Estévez, Paola; Prada Cardozo, Diego Andrés; Rosales Munar, Alicia Alejandra; Ospina Martínez, Martha Lucía; Mercado Reyes, Marcela María

Introduction:

Monkeypox virus (MPXV) is an enveloped double-stranded DNA virus with a genome of approximately 197.209 bp.

The current classification divides MPXV into three clades:

Clade I (Central African or Congo Basin clade) and clades IIa and IIb (West African clades).

Objective:

To report the complete genome and phylogenetic analysis of a human monkeypox case detected in Colombia.

Materials and methods:

Exudate from vesicular lesions was obtained from a male patient with recent travel history to Spain. A direct genomic approach was implemented in which total DNA from the sample was purified through a column-based method, followed by sequencing on the Nanopore GridION. Reads were aligned against the MPXV reference genome using minimap2 v.2.24 and phylogenetic inference was performed using maximum likelihood estimation.

Results:

A total of 11.951 reads mapped directly to a reference genome with 96.8% of coverage (190.898 bp).

Conclusion:

Phylogenetic analysis of the MPXV circulating in Colombia demonstrated its close relationship to clade IIb responsible for the multi-country outbreak in 2022.

Introducción. El virus de la viruela del mono (MPXV) está compuesto por un genoma de ADN bicatenario, aproximadamente, de 197.209 pb.

La clasificación actual agrupa el MPXV en tres clados:

clado I (de la cuenca del Congo en África central), y clados IIa y IIb (de África occidental). Objetivo. Reportar el genoma completo y el análisis filogenético de un caso humano de viruela símica detectado en Colombia. Materiales y métodos. Se obtuvo exudado de lesiones vesiculares de un paciente varón con el antecedente de un viaje reciente a España. Se implementó un enfoque directo, en el cual se purificó el ADN total de la muestra mediante un método basado en columnas, seguido de la secuenciación directa en la plataforma Nanopore GridION. Las lecturas se alinearon con el genoma de referencia del MPXV, utilizando minimap2, v.2.24, y la inferencia filogenética fue realizada mediante la estimación por máxima verosimilitud. Resultados. Un total de 11.951 lecturas se alinearon directamente con el genoma de referencia con una cobertura del 96,8 % (190.898 pb). Conclusión. El análisis filogenético del MPXV circulante en Colombia demostró su estrecha relación con el clado de África occidental (clado IIb) responsable del brote en múltiples países en el 2022.