O consumo de leite de espécies como bubalino e caprino tem se popularizado por representarem uma alternativa para indivíduos que possuem restrições alimentares relacionadas ao leite bovino e em virtude das propriedades nutricionais desses alimentos. No entanto, fatores como a baixa produção e a sazonalidade predispõem a adulterações destes alimentos, principalmente pela adição de leite bovino, visando maior rendimento e lucratividade. Assim, o objetivo do estudo foi padronizar um método de PCR multiplex para autenticação de leites bubalino e caprino. Para isso, amostras de leite exclusivamente de cada espécie foram utilizados para a padronização da técnica. Em seguida, foi realizada a fraude pela adição de leite bovino ao caprino e ao bubalino, em proporções de 0,1% até 100%. A técnica foi eficaz, precisa, rápida e prática para a detecção do DNA de bovino, bubalino e caprino, separadamente e em conjunto. Na fraude experimental, o limite de detecção da técnica ocorreu a partir do menor percentual testado (0,1%) tanto no leite caprino quanto no bubalino. Dessa forma, a PCR multiplex testada mostrou ser uma importante ferramenta para a autenticação de leite, pendendo ser utilizada para fins de fiscalização por órgãos competentes.