RESUMO As Doenças Crônicas Não Transmissíveis (DCNT) representam as principais causas de morte e de invalidez em todo o mundo. Em acréscimo a esse cenário, desponta, em 2020, a pandemia causada pelo novo Coronavírus 2019 (Sars-CoV-2), causador da Covid-19. Este estudo avaliou a continuidade da atenção às DCNT pelos serviços de saúde dos municípios do estado de São Paulo durante a primeira fase da pandemia de Covid-19. Trata-se de estudo transversal, realizado em 171 municípios do estado de São Paulo, com aplicação de formulário aos gestores municipais. Foi utilizado peso de pós-estratificação para correção da baixa taxa de resposta. A maioria dos municípios (89,6%) definiu um conjunto de serviços de saúde que deveria ser mantido, e 95,7% relataram alguma descontinuidade da atenção. Os serviços com descontinuidade (interrupção total e interrupção parcial) foram os seguintes: cirurgias eletivas (54,1% e 38,1%), reabilitação (10,0% e 62,1%), diagnóstico/tratamento das DCNT (1,0% e 42,1%), tratamento de transtornos mentais (2,4% e 38,4%), diagnóstico/tratamento de câncer (interrupção parcial 15,9%) e cuidados paliativos (4,4% e 22,6%). Baixa demanda da população e diminuição da oferta interferiram na continuidade da assistência. Destaca-se a implantação da Telessaúde. A interrupção total ou parcial expõe os indivíduos a complicações agudas e crônicas.