Este estudo teve como objetivo investigar a prevalência dos marcadores sorológicos de infecção pelo HBV e HCV em adultos jovens na Região Metropolitana de Florianópolis, conscritos da Base Aérea de Florianópolis, Santa Catarina, Brasil. Trata-se de um estudo soroepidemiológico transversal de base populacional com 371 adultos jovens, no período de um ano a partir de junho de 2009. Foram pesquisadas características sócio-econômicas e possíveis fatores de risco para HBV e HCV. As amostras de sangue foram analisadas quanto à presença de HBsAg, anti-HBc, anti-HCV e anti-HBs pelo método imunoensaio enzimático automatizado de micropartículas (Abbott®, Sistema AxSYM, Wiesbaden, Alemanha). Nenhum dos participantes demonstrou positividade para HBsAg ou anti-HCV. A prevalência do anti-HBc foi de 1,6% (IC 95% 0,6 - 3,5) e do anti-HBs foi 40,7% (IC 95% 35,7 - 45,9). Relação sexual desprotegida associou-se com a positividade do anti-HBc na análise bivariada. Demonstrou-se prevalência muito baixa de infecção passada pelo HBV e ausência de HCV nesta população de adultos jovens na Região Metropolitana de Florianópolis. A particularidade desta prevalência muito baixa de marcadores de infecção e fatores de risco aponta para um quadro otimista em relação ao HBV e HCV no futuro para esta população.