Este estudo multicêntrico teve como objetivo investigar o padrão de prescrição de medicamentos para pacientes ambulatoriais atendidos em serviços de saúde vinculados a universidades com diferentes níveis de atenção, em oito cidades do sul e centro-oeste do Brasil. As prescrições coletadas foram submetidas à análise de diversos itens, incluindo os indicadores de prescrição propostos pela OMS. No total, 2.411 prescrições foram analisadas e 469 medicamentos foram identificados. O número de medicamentos prescritos por consulta, a frequência de polifarmácia e a porcentagem de consultas com pelo menos um medicamento injetável ou um antimicrobiano prescrito foram maiores em centros de saúde que ofereciam cuidados de atenção básica, em comparação com aqueles que não dispunham desse tipo de atendimento. A maioria dos medicamentos foi prescrita pelo nome genérico (86,1%). Em unidades com cuidados de atenção básica, a acessibilidade foi maior, a prescrição de medicamentos presentes nas Listas Nacional e Municipais de Medicamentos Essenciais foi mais frequente e instruções foram fornecidas aos pacientes mais comumente. Entretanto, advertências e medidas não farmacológicas foram indicadas com menor frequência. Este estudo revela tendências de prescrição de medicamentos em serviços de saúde ligados a universidades, com diferentes níveis de atenção, e indica possíveis áreas de melhoria na prática da prescrição.