Para el estudio morfológico de cápsulas de onoto (Bixa orellana L.) fue utilizada una población de 32 accesiones procedente de cinco regiones del país (Oriente, Centro, Llanos, Andes y Amazonas) y del Brasil. Se encontró que las variables del fruto que tuvieron mayor peso en la separación de accesiones para la formación de grupos fueron el tamaño de cápsula, espinosidad y el tamaño de semilla. Por otra parte, se formó un grupo de asociación entre las variables espinosidad, longitud de espinas, dehiscencia y forma de ápice; así como una asociación proporcional entre las variables tamaño de cápsula y semilla y entre las cápsulas dehiscentes con semillas de color marrón. Adicionalmente, se estableció un conjunto de bandas proteicas e isoenzimáticas que permitieron discriminar los grupos de accesiones definidas previamente de acuerdo a las características del fruto, para inferir el comportamiento de las variables morfológicas estudiadas en función de las variables electroforéticas. Por tanto, los estudios morfológicos de las cápsulas permitieron establecer un sistema de clasificación del cultivo, aunque no se encontró una estrecha asociación entre estas y los patrones moleculares.