O objetivo do presente estudo paralelo, duplo-cego foi o de avaliar os efeitos do uso do metronidazol sistêmico, associado ou não à raspagem e ao alisamento radicular, sobre a doença periodontal crônica do adulto, observados inicialmente, aos 30, 60 e 90 dias. Foram selecionados 12 pacientes, distribuídos em 3 grupos: o primeiro grupo (Grupo I - 22 sítios) foi submetido a raspagem e alisamento radicular (RAR) somente; o segundo grupo (Grupo II - 30 sítios) recebeu RAR e 250 mg de metronidazol (3 X/dia, durante 10 dias); o terceiro grupo (Grupo III - 31 sítios) foi tratado somente com metronidazol. Os parâmetros clínicos avaliados foram profundidade de sondagem (PS), nível de inserção clínica (NI), índices de placa (IPl) e gengival (IG) e sangramento à sondagem (SS). Os pacientes foram submetidos, ainda, à análise microbiológica (BANA) e enzimática ("Pocket Watch"). Os três tratamentos propostos melhoraram significativamente as condições clínicas dos pacientes no início, e nos períodos de 30, 60 e 90 dias, exceto para o nível de inserção clínica. As análises microbiológica e enzimática não apresentaram diferença estatística entre os três grupos para o período de 90 dias (r = 0,7924 e r = 0,7757, respectivamente). Já nos parâmetros clínicos, encontrou-se diferença estatística somente para o índice gengival (p = 0,0261) entre os Grupos I e II e, para a profundidade de sondagem, (p = 0,0124) entre o Grupo I e os outros grupos. Pode-se concluir que o uso do metronidazol sistêmico não produziu efeitos adicionais na microbiota desses pacientes com doença periodontal crônica.