Los pacientes con COVID-19 subsidiarios de ventilación mecánica (VM), evolucionan con consecuencias funcionales en la musculatura ventilatoria y apendicular que no necesariamente se abordan de manera diferenciada. El objetivo de esta investigación fue evaluar el impacto de un programa de recuperación funcional en estos pacientes y determinar si las intervenciones afectan de manera diferenciada a las funciones ventilatorias y musculatura apendicular, utilizando pruebas de bajo costo. Se evaluaron 47 pacientes con COVID-19 que estuvieron en VM. Posterior a una espirometría basal se les realizó; presión inspiratoria máxima (PIMáx), fuerza de prensión palmar (FPP), prueba de pararse y sentarse (PPS) y Prueba de caminata en 6 minutos (PC6m), antes y después del plan de intervención. Este programa incluyó ejercicios aeróbicos y de fuerza supervisados por dos sesiones semanales de 60 minutos durante 3 meses. Después del programa, se observaron mejoras significativas en la capacidad vital forzada (CVF), el volumen espiratorio en el primer segundo (VEF1) y la PIMáx. Se encontraron relaciones significativas entre estas mediciones y la distancia recorrida de la PC6m, la FPP y la PPS. En conclusión, el programa de recuperación funcional en pacientes con COVID-19 que requirieron VM, beneficia tanto la función ventilatoria como la fuerza muscular apendicular. Las pruebas de fuerza muscular apendicular pueden ser útiles para evaluar la recuperación ya que pueden entregar información diferenciada de sus rendimientos. Por último, se necesita más investigación para comprender mejor la respuesta de estos pacientes a la rehabilitación.