El ganado de la región del Pantanal muestra una notable influencia de las razas Bos indicus y sus cruces. Sin embargo, actualmente falta una evaluación biométrica exhaustiva del sistema reproductivo de estos animales. Este estudio evaluó los efectos de la raza, la edad, el peso de la canal y la fase del ciclo estral sobre la morfometría del sistema reproductivo de la hembra. En un matadero se recogieron un total de 124 tractos reproductivos sanos y no preñados (83 Nelore y 41 cruzados). Ni el volumen ni el peso de los ovarios ni la mayoría de las dimensiones del útero se vieron afectados por la raza. En comparación con las novillas, las vacas mostraron cuernos uterinos más largos, un diámetro caudal externo más grande de los cuernos y del cuerpo uterino, y un diámetro craneal externo y un diámetro caudal interno más grandes del cuello uterino. El peso de la canal (por debajo versus dentro del peso comercial) afectó la longitud de los cuernos uterinos, el cuerpo uterino y el cuello uterino. Los ovarios con cuerpo lúteo presentaron mayor volumen y peso que aquellos con solo folículos. Aunque las medidas uterinas en la fase lútea aumentaron, la etapa del ciclo no afectó la morfometría uterina. El número promedio de anillos cervicales fue de 5,0, independientemente del peso o la raza. Los animales mestizos presentaron un primer anillo cervical más alto. La edad no influyó en el número, altura o distancia entre anillos cervicales. La desviación de la alineación normal del cuello uterino se registró en el 14,29 % de los animales, con mayor ocurrencia en el ganado Nelore; la desviación del eje de la mediana fue la más común (30%). Este estudio enfatiza varios parámetros que influyen en la morfometría del sistema reproductor de las hembras en el ganado Nelore y sus cruces, lo que podría ser crucial para implementar técnicas de biotecnología reproductiva más adecuadas a las características morfológicas de las razas cebú.