Immunohistochemistry and next-generation sequencing for NTRK fusion detection in differentiated thyroid cancer of children, adolescents and young adults

Telles, Ana Clara Oliveira Tosta; Machado, Gabriel Jeferson Rodríguez; von-Ammon, Juliana Lima; Matta, Rafael Reis Campos da; Beltrão, Fabyan Esberard de Lima; Paz, Alexandre Rolim da; Hecht, Fábio; Lopes, Guilherme de Castro; Rios, Leonardo Freitas Boaventura; Lisboa, Bruno da Silva; Ramos, Helton Estrela

INTRODUCTION:

Pan-TRK immunohistochemistry staining can assess the protein expression from NTRK gene fusions. A little is known about its utility in differentiated thyroid cancer samples from children, adolescents, and young adults patients.

Objective:

Investigate pan-TRK immunohistochemistry sensitivity and specificity in differentiated thyroid cancer samples from children, adolescents, and young adults patients.

METHODS:

Tumor samples obtained from 79 children, adolescents, and young adults patients (age <21 years) diagnosed with differentiated thyroid cancer between January, 2010 and January, 2021 were retrospectively recruited from four health centers from state of Bahia e Paraíba, Brazil.

NTRK gene fusion testing of all archival FFPE tumor samples:

pan-TRK immunohistochemistry staining for TRKA, TRKB and TRKC protein expression were performed and then analyzed with RNA-based next-generation sequencing assay to confiC:\Users\yngrid.narciso\Desktop\CLIENTES\SITES\BJO\2024\5 - Maio\2024-05-02\siterm immunohistochemistry pan-TRK result and elucidate fusion partner.

RESULTS:

Pan-TRK immunohistochemistry: 3 of 79 cases had positive pan-TRK expression: next-generation sequencing; 4 were identified with NTRK gene fusion, pan-TRK immunohistochemistry was negative in all 4 NTRK next-generation sequencing-positive cases. 25 of 79 NTRK next-generation sequencing-negative control cases had concordant negative pan-TRK immunohistochemistry results. Therefore, our rate of false positive pan-TRK immunohistochemistry results was 3/25 (12%). The overall results for pan-TRK immunohistochemistry in our cohort of next-generation sequencing-negative cases was: (i) sensitivity (0%), (ii) specificity (96%), (iii) positive predictive value (94.7%), (iv) negative predictive value (91%).

CONCLUSION:

Pan-TRK immunohistochemistry was not a tissue-efficient screen for NTRK fusions in differentiated thyroid cancer from children, adolescents, and young adults patients. This is the largest cohort of from children, adolescents, and young adults differentiated thyroid cancer cases stained with pan-TRK immunohistochemistry, and it is the first to detail the sensitivity and specificity of pan-TRK immunohistochemistry regarding the data obtained by targeted RNA-based next-generation sequencing panel in differentiated thyroid cancer.

INTRODUÇÃO:

A coloração imuno-histoquímica Pan-TRK pode avaliar a expressão proteica de fusões de genes NTRK. Pouco se sabe sobre sua utilidade em amostras diferenciadas de câncer de tireoide de crianças, adolescentes e adultos jovens.

Objetivo:

Investigar a sensibilidade e especificidade da imuno-histoquímica pan-TRK em amostras diferenciadas de câncer de tireoide de pacientes crianças, adolescentes e adultos jovens.

MÉTODOS:

Amostras tumorais obtidas de 79 pacientes crianças, adolescentes e adultos jovens (idade <21 anos) com diagnóstico de câncer diferenciado de tireoide entre janeiro de 2010 e janeiro de 2021 foram recrutadas, retrospectivamente, em quatro centros de saúde dos estados da Bahia e Paraíba, Brasil.

Teste de fusão genética NTRK de todas as amostras de tumor FFPE arquivadas:

coloração imuno-histoquímica pan-TRK para expressão da proteína TRKA, TRKB e TRKC foi realizada e depois analisada com ensaio de sequenciamento de próxima geração baseado em RNA, para confirmar o resultado imuno-histoquímico pan-TRK e elucidar o parceiro de fusão.

RESULTADOS:

Imunohistoquímica pan-TRK: 3 de 79 casos tiveram expressão pan-TRK positiva: sequenciamento de próxima geração; 4 foram identificados com fusão do gene NTRK, a imuno-histoquímica pan-TRK foi negativa em todos os 4 casos positivos para sequenciamento de próxima geração de NTRK. 25 dos 79 casos de controle negativo para sequenciamento de próxima geração de NTRK tiveram resultados de imuno-histoquímica pan-TRK negativos concordantes. Portanto, nossa taxa de resultados de imuno-histoquímica pan-TRK falsos positivos foi de 3/25 (12%). Os resultados gerais da imuno-histoquímica pan-TRK em nossa coorte de casos negativos para sequenciamento de próxima geração foram: (i) sensibilidade (0%), (ii) especificidade (96%), (iii) valor preditivo positivo (94,7%), (iv) valor preditivo negativo (91%).

CONCLUSÃO:

A imuno-histoquímica pan-TRK não foi uma triagem tecidualmente eficiente para fusões de NTRK em pacientes com câncer diferenciado de tireoide em crianças, adolescentes e adultos jovens. Esta é a maior coorte de casos de câncer diferenciado de tireoide de crianças, adolescentes e adultos jovens corados com imunohistoquímica pan-TRK, e é a primeira a detalhar a sensibilidade e especificidade da imunohistoquímica pan-TRK em relação aos dados obtidos por RNA direcionado baseado em um painel de sequenciamento de próxima geração no câncer diferenciado de tireoide.