Spike(s) protein gene microevolution of SARS CoV-2 virus in Bolivian Population: correlation between phylogeny and contagion waves
Microevolução do gene da proteína Spike(S) do vírus SARS CoV-2 na população boliviana: correlação entre filogenia e ondas de contágio

J. Health Biol. Sci. (Online); 12 (1), 2024
Publication year: 2024

Objective:

analyze the population gene structure and phylogeny of the S gene of the SARS CoV-2 virus of COVID-19 (+) patients from the Plurinational State of Bolivia and then correlate its phylogeny with the different waves of contagion.

Methods:

three SARS-CoV-2 samples obtained by nasopharyngeal swabs from positive COVID-19 patients were sequenced by Sanger sequencing. 488 sequences of Bolivian SARS-CoV-2 were downloaded from GISAID until September 25, 2023. The genetic structure and phylogeny were analyzed to correlate the presence of the different variants with the waves of contagion.

Results:

three (3) sequences of 623pb, 1557pb, and 3060pb of the S gene were obtained, and the last one was analyzed with the sequences downloaded from GISAID, obtaining a phylogenetic tree and a network of haplogroups that revealed the formation of clades and nodes that gave rise to variants of the six waves that Bolivian inhabitants faced. The Y508S mutation was identified as new since it was not identified in the CoVariants® and CoV-Glue® databases.

Conclusions:

the phylogeny, haplogroup network, and Person's correlation coefficient revealed the existence of a positive correlation between the microevolution of the analyzed fragment and the appearance of the different waves of contagion.

Objetivo:

analisar a estrutura genética populacional e a filogenia do gene S do vírus SARS CoV-2 de pacientes com COVID-19 (+) do Estado Plurinacional da Bolívia e, em seguida, correlacionar sua filogenia com as diferentes ondas de contágio.

Métodos:

três amostras de SARS-CoV-2 obtidas por swabs nasofaríngeos de pacientes positivos para COVID-19 foram sequenciadas por sequenciamento de Sanger. 488 sequências do SARS-CoV-2 boliviano foram baixadas do GISAID até 25 de setembro de 2023. A estrutura genética e a filogenia foram analisadas para correlacionar a presença das diferentes variantes com as ondas de contágio.

Resultados:

foram obtidas três (3) sequências de 623pb, 1557pb e 3060pb do gene S, sendo a última analisada com as sequências baixadas do GISAID, obtendo uma árvore filogenética e uma rede de haplogrupos que revelaram a formação de clados e nós que deram origem a variantes das seis ondas que os habitantes bolivianos enfrentaram. A mutação Y508S foi identificada como nova, pois não foi identificada nas bases de dados CoVariants® e CoV-Glue®.

Conclusões:

a filogenia, a rede de haplogrupos e o coeficiente de correlação de Person revelaram a existência de uma correlação positiva entre a microevolução do fragmento analisado e o aparecimento das diferentes ondas de contágio.

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