Rev. Bras. Cancerol. (Online); 70 (3), 2024
Publication year: 2024
Introduction:
The fast SARS-CoV-2 spread and high mutation rates during viral replication led to virus diversification and the emergence
of new variants. Genomic surveillance has been key to monitoring SARS-CoV-2 variants across the globe. Immune suppression, as
observed in cancer patients, is a risk factor for SARS-CoV-2 infection and severe COVID-19. Objective:
To report a two-year genomic
surveillance of SARS-CoV-2 in cancer patients followed up at the Brazilian National Cancer Institute, Rio de Janeiro, Brazil. Method:
Prospective observational study with 384 SARS-CoV-2+
swabs specimens collected and evaluated between October 2020 and September
2022. SARS-CoV-2 spike was analyzed by PCR and Sanger sequencing to determine the infecting variant. Results:
Most of the patients
had solid organ malignancies (298/384; 77.6%) and 16.1% (62/384) had metastatic disease. Severe COVID-19 cases accounted for
29.4% (113/384) and 27.1% (104/384) of deaths registered. The most common SARS-CoV-2 infecting variants were Gamma (n=137)
and Omicron (BA.1) (n=73). The variant distribution overtime was similar to what has been reported for the general population of
Brazil in the same period. When patients’ cancer topographies were analyzed, it was found that Gamma infected patients with breast
(47/137; 34.3%) and cervical (11/137; 8%) cancer were more frequent than other variants, while Omicron predominated among rectum
(10/122; 8.2%) and prostate (8/122; 6.6%) cancer compared to other variants. Conclusion:
Genomic surveillance is an important tool
for identifying and evaluating the impact of SARS-CoV-2 variants, and should continue especially in immunosuppressed populations
Introdução:
A rápida propagação do SARS-CoV-2 e as altas taxas de mutação
durante a replicação viral levam à diversificação do vírus e ao surgimento de
novas variantes. A vigilância genômica tem sido fundamental para monitorar
as variantes do SARS-CoV-2 em todo o mundo. A supressão imunológica,
conforme observada em pacientes com câncer, é um fator de risco para infecção
por SARS-CoV-2 e covid-19 grave. Objetivo:
Relatar uma vigilância genômica
de dois anos do SARS-CoV-2 em pacientes com câncer acompanhados
no Instituto Nacional de Câncer, Rio de Janeiro, Brasil. Método:
Estudo
observacional prospectivo. Foi avaliado um total de 384 amostras de swabs
SARS-CoV-2+
coletadas entre outubro de 2020 e setembro de 2022. O pico do
SARS-CoV-2 foi analisado por PCR e sequenciamento Sanger para determinar
a variante infecciosa. Resultados:
A maioria dos pacientes apresentava
malignidades de órgãos sólidos (298/384; 77,6%) e 16,1% (62/384), doença
metastática. Os casos graves de covid-19 representaram 29,4% (113/384) e
foram registrados 27,1% (104/384) óbitos. Em relação às variantes infectantes
do SARS-CoV-2, as mais comuns foram Gamma (n=137) e Ômicron (BA.1)
(n=73). A distribuição da variante ao longo do tempo foi semelhante ao que foi
relatado para a população geral do Brasil no mesmo período. Quando analisadas
as topografias de câncer dos pacientes, a Gamma infectou pacientes com câncer
de mama (47/137; 34,3%) e cervical (11/137; 8%), mais frequentemente do
que outras variantes, enquanto a Ômicron predominou entre reto (10/122;
8,2%) e câncer de próstata (8/122; 6,6%) em comparação com outras
variantes. Conclusão:
A vigilância genômica é uma ferramenta importante para
identificar e avaliar o impacto das variantes do SARS-CoV-2, e deve prosseguir
especialmente em populações imunossuprimidas
Introducción:
La rápida propagación del SARS-CoV-2 y las altas tasas
de mutación durante la replicación viral conducen a la diversificación del
virus y la aparición de nuevas variantes. La vigilancia genómica ha sido
clave para monitorear las variantes del SARS-CoV-2 en todo el mundo. La
inmunosupresión, como se observa en pacientes con cáncer, es un factor de
riesgo de infección por SARS-CoV-2 y COVID-19 grave. Objetivo:
Informar
una vigilancia genómica de dos años del SARS-CoV-2 en pacientes con cáncer
seguida en el Instituto Nacional de Cáncer, Río de Janeiro, Brasil. Método:
Estudio observacional prospectivo. Se evaluaron un total de 384 muestras de
hisopos de SARS-CoV-2+
recolectadas entre octubre de 2020 y septiembre
de 2022. El pico de SARS-CoV-2 se analizó mediante PCR y secuenciación
Sanger para determinar la variante infectante. Resultados:
La mayoría de los
pacientes tenían neoplasias malignas de órganos sólidos (298/384; 77,6%) y
el 16,1% (62/384), enfermedad metastásica. Los casos graves de COVID-19
representaron el 29,4% (113/384) y se registraron el 27,1% (104/384) de
las muertes. En cuanto a las variantes infectantes del SARS-CoV-2, las más
comunes fueron Gamma (n=137) y Ómicron (BA.1) (n=73). La distribución
de variantes en el tiempo fue similar a lo reportado para la población general del
Brasil en el mismo período. Cuando se analizaron las topografías de cáncer de
los pacientes, la Gamma infectó a los pacientes con cáncer de mama (47/137;
34,3%) y de cuello uterino (11/137; 8%) con mayor frecuencia que otras
variantes, mientras que Ómicron predominó entre el recto (10/122; 8,2%)
y cáncer de próstata (8/122; 6,6%) en comparación con otras variantes.
Conclusión:
La vigilancia genómica es una herramienta importante para
identificar y evaluar el impacto de las variantes del SARS-CoV-2 y debe
continuarse, especialmente en poblaciones inmunodeprimidas