O presente trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade microbiológica de polpas de frutas congeladas comercializadas na cidade de Cuiabá - MT, comparando aos padrões da legislação vigente. Foi avaliada a qualidade microbiológica de 25 amostras de polpas de frutas coletadas na cidade de Cuiabá-MT, de cinco diferentes polpas (abacaxi, acerola, caju, goiaba e maracujá) e de cinco marcas comerciais (denominadas A, B, C, D e E), para determinação da população global de bolores e leveduras, em unidades formadoras de colônias (UFC/mL), determinação do Número Mais Provável (NMP. mL-1) de coliformes totais e termotolerantes (a 45ºC) e determinação da presença/ausência de Salmonella sp. Os resultados para detecção de Salmonella sp. coliformes totais e termotolerantes nas polpas congeladas mostraram que estas se encontravam de acordo com a legislação vigente. Para a contagem de bolores e leveduras, porém, três amostras (12%) apresentaram índices elevados, acima do limite máximo estabelecido pela legislação vigente. Tais resultados sugerem possível inadequação do controle higiênico de algumas das indústrias evidenciando que as condições higiênicas durante o processamento, manipulação e armazenamento podem estar em desacordo com as Boas Práticas de Fabricação (BPF).