O objetivo do presente estudo foi comparar a eficácia de duas técnicas, PCR e cultura, frequentemente utilizadas para a detecção de Actinobacillus actinomycetemcomitans em amostras de placa bacteriana subgengival. Foram avaliados 136 indivíduos de ambos os sexos, acima de 14 anos de idade, diagnosticados com gengivite (n = 47), periodontite crônica (n = 70) ou agressiva (n = 19) segundo os critérios propostos pela AAP3 (1999). Para cada indivíduo foram obtidas amostras de placa bacteriana subgengival de 5 bolsas periodontais, localizadas na face mesial de dentes distintos, equivalentes aos maiores valores de profundidade de sondagem (PS). Diante de valores edênticos de Ps o maior grau de inflamação dos tecidos periodontais foi auxiliar na seleção dos sítios. A. actinomycetemcomitans foi cultivado em placas de ágar TSBV e identificado de acordo com a morfologia de colônia, coloração de Gram e provas bioquímicas. A PCR foi realizada utilizando-se primers para amplificação do gene da leucotoxina. Os resultados foram analisados empregando-se teste Qui-Quadrado e MacNemar. Dezenove indivíduos apresentaram resultados positivos para cultura bacteriana e 35 indivíduos resultados positivos para PCR. Foram encontradas sensibilidade de 0,74 e especificidade de 0,82 considerando-se a cultura como teste padrão. PCR esteve associada a sangramento a sondagem (c2 = 7,11) e detectou mais amostras positivas de A. actinomycetemcomitans (p < 0,05). Houve superioridade da PCR em relação à cultura na detecção subgengival de A actinomycetemcomitans.