O objetivo deste trabalho foi estudar a influência do preparo biomacânico sobre a microbiota presente no interior de canais de dentes com a polpa necrótica. Espécimes de 58 dentes foram coletadas após a abertura coronária e após o preparo biomacânico. Realizaram-se diluições seriadas em caldo de tioglicolato e alíquotas foram inoculadas em ágar sangue, Mitis salivarius, CVE, TSBV e CFAT, incubadas em anaerobiose (10- porcento CO2 e 90 porcento N2), 37°C, durante 15, dois, quatro, qquatro e sete dias, respectivamente. Alíquotas também foram inoculadas em ágar MacConkey, Sabouraud dextrose e TSA, incubadas em aerobiose, 37°C, por dois, sete e dois dias, respectivamente. Os isolados foram identificados de acordo com características morfocoloniais, morfocelulares e bioquímico-fisiológicas. Para análise estatística utilizou-se o teste de Krkuskal Wallis e Fisher (Ó=0,05). Os microrganismos isolados antes do preparo constituíram-se de anaeróbicos obrigatórios (71,74 por cento), anaeróbicos facultativos (17,66 por cento) e microaerófilos e capnofílicos (10,60 por cento). Após o preparo biomecânico ocorreu redução significativa dos microrganismos anaeróbicos obrigatórios. Concluiu-se qua a microbiota associada aos sitemas de canais de dentes com polpa necrótica possui predomínio de aneróbios obrigatórios, sendo que os mesmos mostraram-se mais sensíveis aos procedimentos empregados no preparo biomacânico