A área endêmica de malária no Brasil se estende atualmente à totalidade da região amazônica, com cerca de 500 mil casos anuais, em geral com situações de baixa e média endemicidade mas ainda apresentando focos de alto risco. Fatores demográficos e socioeconômicos são dominantes nos desafios que enfrentam os Serviços de Saúde Pública no controle da malária. No presente artigo são discutidos fatores determinantes da instabilidade da situação endêmica bem como a necessidade de ações permanentes de vigilância e de intervenção dos Serviços de Saúde para que se evitem surtos epidêmicos e alastramento das áreas endêmicas. No artigo, em seguida, apresenta-se uma síntese de progressos recentes nos estudos da era genômica e pós-genômica sobre o parasita, o vetor e o hospedeiro humano que podem favorecer, no futuro, o desenvolvimento e a melhoria dos métodos de controle da malária.