A criptosporidiose é uma doença de importância para a saúde pública. A via de transmissão do Cryptosporidium parvum é associada freqüentemente à contaminação de água. Porém, estudos epidemiológicos revelam que sua incidência no ambiente aquático é subestimada. A falta de método apropriado de detecção para a pesquisa dos oocistos em amostras de água contribui para isso. O artigo discute vários aspectos do tema, dentre eles, a ocorrência desse patógeno no ambiente aquático e os avanços nos métodos de detecção. Apesar da existência de técnicas de biologia molecular para a identificação do agente, métodos parasitológicos ainda apresentam resultados satisfatórios. A reação em cadeia de polimerase (PCR) é um método de detecção promissor. A identificação dos oocistos de Cryptosporidium spp. na amostra de água é influenciada pelo número de oocistos presentes, pela sensibilidade do método e pelo método de concentração dos oocistos na amostra, cujo aperfeiçoamento é fundamental para a precisão da análise e pesquisa do parasito.