As roças de caboclos são unidades de agricultura de derruba e queima de populações tradicionais nas terras firmes dos trópicos brasileiros, geralmente associados com florestas. Elas são derivadas de sistemas indígenas com algumas modificações introduzidas pelos africanos e portugueses. Neste trabalho, analisamos a estrutura de comunidade dessas roças e o papel dos fatores biológicos e culturais em manter e aumentar a variabilidade genética na mais importante espécie plantada nas roças, a mandioca (Manihot esculenta). Há um alto grau de diversidade nas roças e muitas espécies que estão normalmente presentes, como mandioca, batata-doce, inhame, ariá, araruta, cupá, amendoim, apresentam o que tem sido chamado de habilidade de combinação ecológica, o que significa que elas otimizam o uso dos fatores ambientais e recursos, minimizando a sobreposição de suas arquiteturas. A variabilidade de mandioca é ampliada pelo banco de sementes em áreas previamente ocupadas, cruzamentos interespecíficos e intervarietais, facilitada pelo arranjo das plantações escolhido pelos caboclos. Depois de criada, a variabilidade é fixada através de clonagem vegetativa, o método de reprodução comum não apenas da mandioca, mas também de outras espécies da roça, a maioria perene e apresentando "disjunção agronômica", ou seja, reprodução e produção efetivada por diferentes órgãos da planta.