Os Mecanismos envolvidos na etiopatogenia da endometriose continuam parcialmente esclarecidos e aberrações moleculares emergem como possíveis alvos de defeitos. A teoria mais aceita é a do fluxo retrógrado, postulada por Sampson em 1929. Entretanto, foi comprovado que praticamente 90 por cento das mulheres com trompas pérvias apresentam fluxo retrógrado e somente 10 por cento delas apresentarão endometriose. Isto nos leva a pensar que outros fatores associados ao fluxo retrógrado permitiriam a implantação deste tecido na cavidade abdominal. Acredita-se em comprometimento poligênico que resulta em alterações moleculares de citocinas, de enzimas relacionadas à esteroidogênese, como a aromatase, e de moléculas envolvidas com o estresse oxidativo celular, além daquelas responsáveis pela adesão, invasão, neovascularização, crescimento e manutenção das células endometriais refluídas pelas trompas durante a menstruação. Estas alterações tornam tanto o endométrio tópico quanto o microambiente peritoneal das mulheres com endometriose favorável ao desenvolvimento dos implantes endometrióticos e desfavorával ao processo reprodutivo