La tuberculosis extrapulmonar puede afectar a diversos órganos y tejidos que no sean los pulmones, en Bolivia no se conocen los diversos genotipos que se encuentran en este tipo de tuberculosis. El propósito de este estudio fue determinar los genotipos de Mycobacterium tuberculosis que se presentan con mayor frecuencia y su asociación con diversas formas de tuberculosis extrapulmonar. Se analizaron 31 aislamientos procedentes de la Escuela Técnica de Salud, por el método IS6110 PCR, que se basa en el polimorfismo adyacente a la secuencia de inserción IS6110, utilizando la reacción en cadena de la polimerasa. Se observó que el mayor número de aislamientos provenían de muestras de orina y se determinó una alta variabilidad genética, con 14 genotipos diferentes, pero con 3 predominantes, También se encontró que en la tuberculosis de vías urinarias, se presentaron con mayor frecuencia dos genotipos. Los genotipos que sobresalieron en la tuberculosis extrapulmonar fueron diferentes a los que se encontraban predominando en aislamientos de tuberculosis pulmonar, si bien se observó la presencia de algunos perfiles ya descritos previamente en Mycobacterium tuberculosis pulmonar.