Os protocolos clínicos são condutas e procedimentos desenvolvidos com suporte em evidências atualizadas e consistentes, que objetivam promover uma melhor prática da medicina. Esses protocolos vêm auxiliar o médico em decisões sobre a melhor e mais apropriada conduta em situações clínicas específicas, permitindo resolução mais rápida e eficiente das enfermidades, gerando melhor qualidade de vida aos pacientes. Neste sentido, os guidelines buscam aumento da precisão diagnóstica, qualidade da assistência médica, dos serviços de saúde e controle de custos. Em estudo, verificou-se a percepção médica em relação ao uso de protocolos, no tocante às vantagens e limitações da prática, principais beneficiados, influência nos custos e possível diferença entre os protocolos adotados nos sistemas de saúde. Aplicou-se questionário contendo nove perguntas, respondidas individualmente e voluntariamente por 80 médicos. Constatou-se que 98,75% dos médicos tem conhecimento do uso de protocolos; 95% concordam com seu uso, sendo que 83,75% dos médicos o fazem parcialmente. Os entrevistados reconheceram as limitações de sua aplicabilidade. Dentre eles, 38,75% consideram que o julgamento clínico é mais importante, e 72,5% avaliam que os protocolos trazem benefícios, sendo que 77,5% reconhecem a diminuição nos custos. Concluiu-se que, apesar de haver limitações na aplicabilidade deste recurso, o conhecimento e uso dos protocolos por parte dos médicos já são significativos, sendo, portanto, instrumentos de auxílio em um contexto, no qual a experiência clínica deve ser integrada à informação científica, de forma crítica e racional, objetivando melhorar a qualidade da assistência médica. Desta forma, os protocolos devem ser amplamente divulgados, constantemente atualizados e adequados à realidade de cada paciente.